L'allocation est liquidée et payée mensuellement.
Les indemnités sont versées aux salariés par l'employeur, qui est remboursé sur production d'états visés par l'inspection du travail et vérifiés par la CAFAT qui crédite l'employeur des avances qu'il a faites.
Toutefois, en cas de redressement judiciaire ou de liquidation judiciaire ou de difficultés financières entraînant le non paiement des salaires, le gouvernement de la Nouvelle-Calédonie peut, sur proposition du directeur du travail et de l'emploi et après avis de la commission paritaire qui doit être rendu dans un délai d'un mois à compter de la saisine, faire procéder au paiement direct des allocations aux salariés par la CAFAT.